Μοριακή Ιολογία

Η κύρια δραστηριότητα της ερευνητικής ομάδας Μοριακής Ιολογίας της Δρ Νίκης Βασιλάκη είναι η μελέτη της μοριακής βιολογίας των Φλαβοϊών HCV (Ηπατίτιδας C), DENV (Δάγκειου πυρετού), YFV (Κίτρινου Πυρετού) και ZIKV (ιού Zίκα), του Hepadnavirus ιού HBV και του κορωνοϊού SARS-CoV-2, εστιάζοντας στους μηχανισμούς ιικής αντιγραφής και παθογένειας καθώς και στους μοριακούς μηχανισμούς δράσης αναστολέων ιικής αντιγραφής. Για το σκοπό αυτό, η ομάδα έχει εφαρμόσει ιικά υπογονιδιωματικά και μολυσματικά συστήματα καλλιεργούμενων κυττάρων και έχει αναπτύξει μοντέλα μόλυνσης που προσομοιάζουν τις νορμοξικές (φυσιολογικής τάσης οξυγόνου) και μεταβολικές συνθήκες των ιστών. Επιπλέον, αναλύονται ανθρώπινα δείγματα, από διάφορους ιστούς μολυσμένων ατόμων.
Πιο συγκεκριμένα, η ομάδα μελετά:

 

• Τη συσχέτιση της αντιγραφής των Φλαβοϊών (HCV, DENV, YFV) και του HBV με τη σηματοδότηση μέσω οξυγόνου και τον ρόλο αυτής της αλληλεπίδρασης στην ιική παθογένεια και στην αποτελεσματικότητα αντι-ιικών στοχευμένης δράσης.

Vassilaki et al. J Virol. 2013; Vassilaki N. and Frakolaki E. Microbes Infect. 2017; Frakolaki et al. Cells. 2018; Frakolaki et al. Institut Pasteur International Network Symposium 2016

• Τη σχέση των μολύνσεων από τους Φλαβοϊούς (HCV, DENV) με το ένζυμο βιοσύνθεσης της ντοπαμίνης L-Dopa αποκαρβοξυλάση (DDC), το οποίο έχει πρόσφατα αναγνωριστεί ως προσδέτης της PI3K και εμπλέκεται στην απόπτωση των κυττάρων. Το ρόλο της DDC στον επαγώμενο από τον DENV κυτταρικό θάνατο.

Την αλληλεπίδραση της βιοσύνθεσης, του μεταβολισμού και της πρόσληψης κατεχολαμινών με την αντιγραφή του HCV και του DENV.

Vassiliou et al. Biochimie 2019; Frakolaki et al. Cells 2019; Mprekoulis et al. Viruses 2021

• Την σημασία της βιοσύνθεσης και του μεταβολισμού των κατεχολαμινών στην παθογένεια του SARS-CoV-2 και τη σοβαρότητα της COVID-19.

Mpekoulis et al. PLoS One. 2021

• Την απόκριση των αντισωμάτων μετά τον εμβολιασμό για COVID-19 στον ελληνικό πληθυσμό.

Vassilaki et al. Microorganisms. 2021

• Την αντι-ιική δραστικότητα και τους μηχανισμούς δράσης ετεροκυκλικών λιπόφιλων χηλικών ενώσεων με ευρεία δράση έναντι των Φλαβοϊών (HCV, DENV, YFV, ZIKV)

Giannakopoulou et al. MedChemComm2019; Frakolaki et al. 33rd International Conference on Antiviral Research (ICAR)2020

• Νέους ισχυρούς και ασφαλείς αναστολείς του HCV από συλλογές συνθετικών αναλόγων και φυσικών προϊόντων και τον χαρακτηρισμό των μηχανισμών δράσης τους.

Zoidis et al. MedChemComm 2016; Lougiakis et al. Chem Biol Drug Des 2107; Ramsis et al. Arch Pharm 2018; Leila et al. ACS Omega 2019; Abdel Karim et al. Bioorg Chem. 2020; Mousa et al. Pharmaceuticals, 2021; Ahmed et al. MDPI 2020; Abdallah et al. δεκτή στο Eur J Med Chem

• Τη δραστικότητα και τους μηχανισμούς δράσης έναντι του HBV νέων υποκατεστημένων ιμιδαζo[4,5-b]πυριδινών.

Gerasi et al. Bioorg Chem. 2020

• Εναλλακτικούς μηχανισμούς έναρξης της μετάφρασης του core+1 ανοικτού πλαισίου ανάγνωσης του HCV, που επικαλύπτεται με την περιοχή του γονιδιώματος που κωδικοποιεί την καψιδιακή πρωτεΐνη core, συμπεριλαμβανομένης της έκφρασης της μικρής πρωτεΐνης core+1/ARFP (core+1/short) του HCV, σε καλλιεργούμενα ανθρώπινα ηπατοκύτταρα. Μελέτη του ρυθμιστικού της ρόλου στην παθογένεια του ιού.

Vassilaki and Mavromara J Biol Chem 2003, Vassilaki et al. Febs J 2007, Vassilaki et al. Virus Res 2008, Vassilaki et al. J Gen Virol 2008, Boumlic et al Virus Res 2011, Kotta-Loizou I. et al. J Gen Virol. 2013; Vassilaki et al. Int J Mol Sci. 2020

Granted patent and Provisional Patent application

Α. Μελέτη της μεταβολικής βάσης της αλληλεπίδρασης μεταξύ ενδοκυττάριας τάσης οξυγόνου και πολλαπλασιασμού των ηπατοτρόπων ιών HCV, DENV, YFV και ΗBV καθώς και του ρόλου αυτής της αλληλεπίδρασης στην ιική παθογένεια. Αναπτύσσοντας μολυσματικά συστήματα καλλιεργούμενων ηπατοκυττάρων που βασίζονται στη μέση τάση οξυγόνου του ηπατικού μικροπεριβάλλοντος (3% v/v O2) και προσομοιάζουν τις μεταβολικές συνθήκες της φυσικής μόλυνσης: α) διερευνάται η επίδραση του χαμηλού οξυγόνου (ηπατικής νορμοξίας) στην ιική αντιγραφή και β) προσδιορίζονται τα κυτταρικά μονοπάτια γλυκολυτικού, εξαρτώμενου από την κρεατινική κινάση Β και λιπιδικού μεταβολισμού που εμπλέκονται σε αυτή την αλληλεπίδραση, προκειμένου να κατανοηθούν καθοριστικοί παράγοντες για την έκβαση της μόλυνσης και να προσδιοριστούν νέοι θεραπευτικοί στόχοι.

ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ

• Low oxygen tension enhances hepatitis C virus replication. Vassilaki N.*, Kalliampakou I., Kotta-Loizou I., Befani C., Liakos P., Simos G., Mentis A.F., Kalliaropoulos A., Doumba P.P., Smirlis D., Foka P., Bauhofer O., Poenisch M., Windisch M.P., Lee M.E., Koskinas J., Bartenschlager R. and Mavromara P.* J Virol. 2013, 87, 2935-48. doi: 10.1128/JVI.02534-12
  * Corresponding authors

• Virus-host interactions under hypoxia. Special issue: Effects of hypoxia on infection and host immune control. Vassilaki N.* and Frakolaki E. Microbes Infect. 2017, 19, 193-203. doi: 10.1016/j.micinf.2016.10.004
  * Corresponding author

   

  • The Role of Tissue Oxygen Tension in Dengue Virus Replication. Frakolaki E., Kaimou P., Moraiti M., Kalliampakou K. I., Karampetsou K., Dotsika E. Liakos P., Vassilacopoulou D., Mavromara P., Bartenschlager R. and Vassilaki N.* Cells. 2018, 7(12), 241; doi: 10.3390/cells7120241. Special Issue Gene Regulation by HIFs during Hypoxia
    * Corresponding author

ΠAΡΟΥΣΙΑΣΕΙΣ σε ΣΥΝΕΔΡΙΑ

• Institut Pasteur International Network Symposium 2016, “From basic science to biomarkers and tools in Global Health”. Paris, France, 29 Nov. – 2 Dec. 2016

Αναρτημένη παρουσίαση: The interplay between hepatotropic viruses and liver normoxia determines viral levels and response to therapeutics

Frakolaki E., Giannakopoulou E., Feuillette-Cadenne Ν., Kaimou P., Niotis G., Bartenschlager R., Mavromara P., Zoidis G., Windisch M., Neuveut C. and Vassilaki N.

• 68ο Πανελλήνιο Συνέδριο Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας & Μοριακής Βιολογίας. Αθήνα, Ελλάδα, 10-12 Nov. 2017
  Προφορική παρουσίαση: Developing a novel infectious cell model of Flaviviridae viruses that simulates in vivo normoxic and metabolic microenvironment for the characterization of broadly effective antivirals
  Frakolaki E., Kaimou P., Niotis G., Dimitriou M., Giannakopoulou E., Pardali V., Myrianthopoulos V., Mikros E., Bartenschlager R., Mavromara P., Zoidis G. and Vassilaki N.

B. Προσδιορισμός νέων ασφαλών και ευρέως αποτελεσματικών αναστολέων συνθετικής και φυσικής προέλευσης έναντι των ιών Flaviviridae HCV, DENV, YFV και ZIKV καθώς και έναντι του ιού HBV, και χαρακτηρισμός του μοριακού μηχανισμού δράσης τους. Aξιολογούνται δύο συλλογές ενώσεων: α) Μια σειρά λιπόφιλων ετεροκυκλικών ενώσεων, αναλόγων του μυκητιακού μεταβολίτη flutamide (2,6-δικετοπιπεραζίνες) και αναλόγων ακετοϋδροξαμικού οξέος, που σχετίζονται δομικά με χηλικούς παράγοντες οι οποίοι έχουν προηγουμένως δειχθεί ως ευρέως αποτελεσματικοί έναντι της αντιγραφής των ιών HCV, HIV και γρίπης στοχεύοντας δισθενή μεταλλικά ιόντα στο ενεργό κέντρο ιικών ενζύμων αντιγραφής. β) Μια ομάδα φυσικών προϊόντων, μεταξύ των οποίων τερπένια, στεροειδή, αλκαλοειδή (ινδόλια) και φλαβονοειδή, απομονωμένων από φυτά της Eλληνικής και Mεσογειακής βιοποικιλότητας που έχουμε προηγουμένως δείξει ως δραστικά έναντι της αντιγραφής του HCV, καθώς και συνθετικών αναλόγων τους. Για το σκοπό αυτό, εφαρμόζονται αποδοτικά ιικά υπογονιδιωματικά και μολυσματικά συστήματα καλλιεργούμενων κυττάρων και έχουν αναπτυχθεί μοντέλα μόλυνσης που προσομοιάζουν τις νορμοξικές και μεταβολικές συνθήκες των ιστών. Συνεργασία με Καθ. Γ. Ζωίδη και Καθ. Α. Λ. Σκαλτσούνη (Τμήμα Φαρμακευτικής Πανεπιστημίου Αθηνών).

Γ. Έλεγχος και χαρακτηρισμός του μοριακού μηχανισμού δράσης μιας σειράς νέων τρικυκλικών νουκλεοσιδίων ως αναστολέων της αντιγραφής του ιού HCV. Συνεργασία με Καθ. Π. Μαράκο και Καθ. Ν. Πουλή (Τμήμα Φαρμακευτικής Πανεπιστημίου Αθηνών).

Δ. Έλεγχος έναντι διαφορετικών γονοτύπων του ιού HCV μιας σειράς νέων μικρών οργανικών μορίων σχεδιασμένων να στοχεύουν τη μη δομική πρωτεΐνη του ιού NS5A, με στόχο την ανακάλυψη νέων βελτιωμένων αναστολέων με πανγονοτυπική δράση. Συνεργασία με Prof. Dr. Ashraf H. Abadi (Faculty of Pharmacy and Biotechnology, German University in Cairo, Egypt).

ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ

• # Novel indole-flutimide heterocycles with activity against influenza PA endonuclease and hepatitis C virus. Zoidis G., Giannakopoulou E., Stevaert A., Frakolaki E., Myrianthopoulos V., Fytas G., Mavromara P., Mikros E., Bartenschlager R., Vassilaki Ν.* and Naesens L.* Chem. Comm. 2016, 7, 447-456. doi:10.1039/C5MD00439J
  * Principal investigators
  # Featured as: New Talent Europe, 2016 MedChemComm Hot Article, Front cover

• Novel nucleoside analogues targeting HCV replication through an NS5A-dependent inhibition mechanism. Lougiakis N., Frakolaki E., Karmou P., Pouli N.*, Marakos P., Madan V., Bartenschlager R., Vassilaki N.* Chem Biol Drug Des. 2017, 90(3), 352-367.
  * Corresponding authors
• Expanding the chemical space of anti-HCV NS5A inhibitors by stereochemical exchange and peptidomimetic approaches. Ramsis M., Abdel Karim S.E., Vassilaki N., Frakolaki E., Kamal A.A.M., Zoidis G., Ahmed N.S. and Abadi A.H. Arch Pharm (Weinheim). 2018, 351(7):e1800017. doi: 10.1002/ardp.201800017.
•  

ΠAΡΟΥΣΙΑΣΕΙΣ σε ΣΥΝΕΔΡΙΑ

• 67o Πανελλήνιο Συνέδριο Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας & Μοριακής Βιολογίας. Ιωάννινα, Ελλάδα, 25-27 Νοεμ. 2016

Προφορική παρουσίαση: Mechanism of action of broadly effective inhibitors targeting hepaci- and flavivirus replication: Validation under liver normoxic conditions
Frakolaki E., Kaimou P., Kelepouras K., Giannakopoulou E., Myrianthopoulos V., Niotis G., Mikros E., Bartenschlager R., Mavromara P., Zoidis G. and Vassilaki N.

• 25th International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses. Dublin, Ireland, 8-11 Oct. 2018

Αναρτημένη παρουσίαση: Novel acetohydroxamic metal-chelators targeting the replication of Flaviviridae viruses.

Frakolaki E., Niotis G., Karakostas C., Giannakopoulou E., Pardali V., Windisch M., Bartenschlager R., Papageorgiou N., Canard B., Zoidis G. and N. Vassilaki.

• 31st International Conference on Antiviral Research (ICAR). Porto, Portugal, 11-15 June 2018

Αναρτημένη παρουσίαση: Acetohydroxamic Metal-Chelators against Hepatitis C Virus and Flaviviruses

Giannakopoulou E., Pardali V., Frakolaki E., Myrianthopoulos V., Mikros E., Bartenschlager R., Vassilaki N. and Zoidis G.

• 23rd International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses. Kyoto, Japan, 11-15 Oct. 2016

Αναρτημένη παρουσίαση: Broadly active antivirals with a naturally derived chelating moiety targeting hepaci- and flavivirus replication; further evaluation under liver normoxic conditions

Frakolaki E., Giannakopoulou E., Myrianthopoulos V., Dimitriou M., Madan V., Mikros E., Bartenschlager R., Mavromara P., Zoidis G. and Vassilaki N.

• 29th International Conference on Antiviral Research (ICAR). La Jolla, California, United States, 17- 21 April 2016

Αναρτημένη παρουσίαση: Novel indole-flutimide Heterocycles with Activity Against Influenza PA Endonuclease and Hepatitis C Virus

Zoidis G., Giannakopoulou E., Stevaert A., Frakolaki E., Myrianthopoulos V., Fytas G., Mavromara P., Mikros E., Bartenschlager R., Vassilaki N. and Naesens L.

• 66th Πανελλήνιο Συνέδριο Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας & Μοριακής Βιολογίας. Ίδρυμα Ευγενίδου, Αθήνα, Ελλάδα, Eugenides Foundation, Athens, 11-13 Δεκ. 2015

Προφορική παρουσίαση: Developing a novel infectious cell culture system of Hepatitis C virus that simulates liver normoxia for the characterization of broadly effective inhibitors targeting the viral polymerase.

Frakolaki E., Giannakopoulou E., Myrianthopoulos V., Dimitriou M., Madan V., Bartenschlager R., Mavromara P., Zoidis G. and Vassilaki N.

E. Διερεύνηση της συμβολής της πρωτεΐνης core+1/ARFP (alternative reading frame protein) του ιού HCV στην ιική παθογένεια. Από τo δικό μας εργαστήριο και άλλες ομάδες έχει ανακαλυφθεί η έκφραση ενός εναλλακτικού πλαισίου ανάγνωσης που επικαλύπτεται της core κωδικής αλληλουχίας κατά +1 νουκλεοτίδιο. Έχουν αναφερθεί διάφορα προϊόντα του core+1 ORF ως αποτέλεσμα πλαισιοτροποιητικού μηχανισμού ή εσωτερικής έναρξης της μετάφρασης. Μελετάμε το mRNA/miRNA μεταγράφωμα ανθρώπινων ηπατοκαρκινικών και αθανατοποιημένων ηπατοκυττάρων μολυσμένων με core+1 μεταλλαγμένους HCV ιoύς στελέχους JFH1 γονοτύπου 2a, που φέρουν μη νοηματικές μεταλλάξεις που σταματούν τη μετάφραση του core+1 ανοικτού πλαισίου ανάγνωσης, συγκριτικά με κύτταρα μολυσμένα με τον φυσικού τύπου ιό, με χρήση της τεχνολογίας μικροσυστοιχιών ποσοτικής PCR πραγματικού χρόνου του εργαστηρίου Μοριακής Ιολογίας που αποκτήθηκε στα πλαίσια του προγράμματος ΑΡΙΣΤΕΙΑ (Ε.Υ. Καθ. Π. Μαυρομαρά).

ΣΤ. Μελέτη του ρόλου ενός εναλλακτικού IRES στοιχείου εντός της core κωδικής αλληλουχίας του γονιδιώματος του HCV στη ρύθμιση της έναρξης της μετάφρασης του core+1 ανοικτού πλαισίου ανάγνωσης. Οι core RNA δομές στελέχους-θηλιάς SL47 και SL87 του HCV γονιδιώματος, επιπρόσθετα του ρόλου τους στη μετάφραση της ιικής πολυπρωτεΐνης, είναι αναγκαία ρυθμιστικά στοιχεία για την έκφραση της short ισομορφής της core+1 πρωτεΐνης του εναλλακτικού πλαισίου ανάγνωσης (core+1 ORF), οδηγώντας σε εσωτερική έναρξη της μετάφρασης στα core+1 κωδικόνια 85/87, τόσο σε επιμολυσμένα κύτταρα με core RNA όσο και στο πλαίσιο του ιικού γονιδιώματος.

ΠAΡΟΥΣΙΑΣΕΙΣ σε ΣΥΝΕΔΡΙΑ

• 22nd International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses. Strasbourg, France, 9-13 Oct. 2015

Αναρτημένη παρουσίαση: Expression and functional properties of the short Core+1/ARF protein in the HCV life cycle

Vassilaki N., Frakolaki E., Kazazi D., Karakasiliotis I., Moustafa S., Bartenschlager R. and Mavromara P.

• 10th Conference of the Hellenic Society of Virology. Athens, Greece, 27-28 Feb. 2015

Προφορική παρουσίαση: Phenotypic evaluation of mutations that disrupt the core+1 ORF or alter the core aminoacid sequence of Hepatitis C Virus

Vassilaki N., Frakolaki E., Samaras A., M. Dimitriou, Kotta-Loizou I., Karakasiliotis I., Bartenschlager R. and Mavromara P.

• 21st International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses. Banff, Canada, 7-11 Sep. 2014
• Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network 2014. Paris, 10-13 Sep. 2014

Αναρτημένη παρουσίαση: Mutations introducing stop codons in HCV core+1 ORF and a single aminoacid substitution in core which is present in clinical isolates impair viral infectivity

Vassilaki N., Frakolaki E., Samaras A., Kotta-Loizou I., Karakasiliotis I., Bartenschlager R. and Mavromara P.

• 64o Πανελλήνιο Συνέδριο Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας & Μοριακής Βιολογίας. Αθήνα, Ελλάδα, 6-8 Δεκ. 2013

Προφορική παρουσίαση: An IRES-like element identified within the HCV core-coding region mediates internal translation initiation of the core+1/Short protein in the HCV replicon.

Vassilaki N., Kotta-Loizou I., Sakellariou P., Frakolaki E., Bartenschlager R. and Mavromara P.

2019-2020        Πρόγραμμα Asklepios Gilead Sciences Hellas 2018

Tίτλος: “Aποκαρβοξυλάση των L-αρωματικών αμινοξέων: Ένας νέος μεταβολικός παράγοντας που σχετίζεται με τη μόλυνση από τον ιό της Ηπατίτιδας C και την ανάπτυξη Ηπατοκυτταρικού Καρκίνου”

Eπιστημονικός Υπεύθυνος: Δρ. Ν. Βασιλάκη

Συνεργάτες: Καθ. Δ. Βασιλακοπούλου (Τμήμα Βιολογίας Πανεπιστημίου Αθηνών), Καθ. Ι. Κοσκίνας (Β΄ Πανεπιστημιακή Παθολογική Κλινική Ιατρικής Σχολής Αθηνών – Γενικού Νοσοκομείου Αθηνών Ιπποκρατείου), Καθ. Ν. Πουλή και Π. Μαράκος (Τμήμα Φαρμακευτικής Πανεπιστημίου Αθηνών), Δρ. Χ. Μπολέτη (Μονάδα Οπτικής Μικροσκοπίας Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ)

2018 – 2019       Πρόγραμμα Εμπειρίκειου Ιδρύματος 2016

Tίτλος: “Σχεδιασμός, σύνθεση και βιολογικός χαρακτηρισμός νέων ευρέως αποτελεσματικών αναστολέων έναντι του ιού της Ηπατίτιδας C και των συγγενικών του επανεμφανιζόμενων Φλαβοϊών Ζίκα, Δάγκειου και Κίτρινου πυρετού. Επιβεβαίωση σε κυτταρικό μοντέλο μόλυνσης που προσομοιάζει τις συνθήκες του ιστού in vivo”

Eπιστημονικός Υπεύθυνος: Δρ. Ν. Βασιλάκη (Εργαστήριο Μοριακής Ιολογίας Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ) και Καθ. Γ. Ζωίδης (Τμήμα Φαρμακευτικής Πανεπιστημίου Αθηνών)

Συνεργάτες: Δρ Β. Μυριανθόπουλος (Τμήμα Φαρμακευτικής Πανεπιστημίου Αθηνών), Prof. R. Bartenschlager (Department of Infectious Diseases, Heidelberg, Germany)

2017-2018       Πρόγραμμα Asklepios Gilead Sciences Hellas 2016

Tίτλος: “Χαρακτηρισμός νέων ενώσεων με ευρεία αντι-ιική δράση ως αναστολέων του ιού της Ηπατίτιδας B σε μοντέλο μόλυνσης που προσομοιάζει το in vivo νορμοξικό μικροπεριβάλλον. Σημασία της ηπατικής νορμοξίας για την HBV αντιγραφή και την απόδοση αναστολέων”

Eπιστημονικός Υπεύθυνος: Δρ. Ν. Βασιλάκη

Συνεργάτες: Καθ. Α.-Λ. Σκαλτσούνης, Καθ. Γ. Ζωίδης και Δρ Β. Μυριανθόπουλος (Τμήμα Φαρμακευτικής Πανεπιστημίου Αθηνών), Dr C. Neuveut (IP Paris, Unité des Hépacivirus et Immunité Innée), Dr M. Windisch (IP Korea, Applied Molecular Virology).

2017-2019       Διδακτορική υποτροφία του Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών (ΙΚΥ) προς τη φοιτήτρια Ε. Φρακολάκη για το ερευνητικό πρόγραμμα “Αξιολόγηση νέων αναστολέων του ιού της Ηπατίτιδας C και συγγενικών ιών, καθώς και βιοδεικτών απόκρισης σε θεραπευτικές προσεγγίσεις”

Eπιστημονικός Υπεύθυνος: Δρ. Ν. Βασιλάκη

Ιαν.-Μάιος 2018       Πρόγραμμα Erasmus+ της Ευρωπαϊκής Επιτροπής  για εκπαίδευση του βιολόγου Γ. Νιώτη στο εργαστήριο Architecture et Fonctions des Macromolécules Biologiques (AFMB), του UMR 7257 CNRS και Université Aix-Marseill (France), στα πλαίσια του ερευνητικού έργου “Lipophilic heterocyclic chelating agents (acetohydroxamic acids) that are broadly active against Flaviviridae viruses. Evaluation in enzymatic assays for viral metallo-enzymes from Flaviviruses and Arenaviruses; Co-relation with inhibitory activities determined in sub-genomic replicon transfected cells”

Eπιστημονικός Υπεύθυνος: Δρ. Ν. Βασιλάκη (Εργαστήριο Μοριακής Ιολογίας Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ) και Bruno Canard – Prof. Nicolas Papageorgiou (AFMB, UMR 7257 du CNRS et de l’Université Aix-Marseille, France)

2019-2021        Yποέργo της Πράξης EATRIS–GR, Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Ανταγωνιστικότητα – Επιχειρηματικότητα – Καινοτομία 2014-2020»: Η υποδομή για προ-κλινική και πρώιμης-φάσης κλινική ανάπτυξη φαρμάκων, θεραπευτικών προϊόντων και βιοϊατρικών συσκευών

Συντονιστής: Πασχάλης Σιδεράς (Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών Ακαδημίας Αθηνών)
Τίτλος υποέργου: “Εφαρμογή προηγμένων in vitro ιικών μοντέλων για την προκλινική αξιολόγηση μικρομοριακών αναστολέων έναντι Φλαβοϊών (Δάγκειου, Κίτρινου Πυρετού, Ζίκα)”
Eπιστημονικός Υπεύθυνος υποέργου: Δρ Ν. Βασιλάκη

2018-2019       Yποέργo της Δράσης Αναπτυξιακές Προτάσεις Ερευνητικών Φορέων – ΚΡΗΠΙΣ II (Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, ΕΣΠΑ)

Tίτλος:”Λοιμώδη, αυτοάνοσα και νευροεκφυλιστικά νοσήματα: μελέτη παθογενετικών μηχανισμών και ανάπτυξη διαγνωστικών, προγνωστικών και θεραπευτικών προσεγγίσεων”.

Συντονιστής: Δρ. Ε. Καραγκούνη (Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ)

Yποέργο EE1.5: “Προσδιορισμός ευρέως αποτελεσματικών αναστολέων έναντι ιών της οικογένειας Flaviviridae και του ιού της Ηπατίτιδας Β (HBV)”

Eπιστημονικός Υπεύθυνος υποέργου EE1.5: Δρ. Ν. Βασιλάκη

2018-2020       Συμμετοχή στο έργο της Ενιαίας Δράσης «Ερευνώ-Δημιουργώ-Καινοτομώ» (Ε.Π. «Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα και Καινοτομία (ΕΠΑνΕΚ)», ΕΣΠΑ): “Ανάπτυξη πεπτιδικών νανοεμβολίων κατά της λεϊσμανίασης (NanoVacLeish)”.

Επιστημονικός υπεύθυνος: Δρ. Ε. Καραγκούνη (Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ),

Συνεργαζόμενοι φορείς: ΕΙΠ (Συντονιστής), ΕΚΕΤΑ, Γερολυμάτος International ΑΕΒΕ

2015-2017       Πρόγραμμα Διεθνούς Δικτύου Παστέρ ACIP (Actions Concertées Inter-Pasteuriennes) 2015

Tίτλος: “Eντοπισμός ευρέως αποτελεσματικών αναστολέων φυσικής και συνθετικής προέλευσης έναντι των ηπατοτρόπων ιών του Δάγκειου (DENV), του Κίτρινου Πυρετού (YFV) και της Ηπατίτιδας B (HBV) υπό συνθήκες καλλιέργειας που προσομοιάζουν το νορμοξικό και μεταβολικό μικροπεριβάλλον του ήπατος. Η αλληλεπίδραση μεταξύ ιού και ηπατικής νορμοξίας ως πιθανός καθοριστικός παράγοντας της νόσου.”

Eπιστημονικός Υπεύθυνος/ Συντονιστής: Δρ. Ν. Βασιλάκη

Συνεργάτες από Ινστιτούτα Παστέρ (IP): Dr C. Neuveut (IP Paris, Unité des Hépacivirus et Immunité Innée), Dr M. Windisch (IP Korea, Applied Molecular Virology).

Άλλοι συνεργάτες: Prof. R. Bartenschlager (Department of Infectious Diseases, Heidelberg University, Germany), Καθ. Α.-Λ. Σκαλτσούνης, Καθ. Γ. Ζωίδης και Δρ Β. Μυριανθόπουλος (Φαρμακευτικό Τμήμα Πανεπιστημίου Αθηνών).

2017       Υποέργο του προγράμματος Asklepios Gilead Sciences Hellas 2017:

Tίτλος προγράμματος: “Σχεδιασμός, σύνθεση και βιολογική αξιολόγηση νέων δισθενών αναστολέων της πρωτεΐνης NS5A με επιλεκτική δράση έναντι του HCV”.
Συντονιστής: Καθ. Γ. Ζωίδης (Φαρμακευτικό Τμήμα Πανεπιστημίου Αθηνών)
Eπιστημονικός Υπεύθυνος υποέργου που αφορά στη βιολογική μελέτη των αναστολέων έναντι του HCV: Δρ. Ν. Βασιλάκη

2016-2017       Υποέργο του προγράμματος Asklepios Gilead Sciences Hellas 2015 

Tίτλος:”Σχεδιασμός, σύνθεση και βιολογική αποτίμηση νέων λιπόφιλων ετεροκυκλικών χηλικών παραγόντων με δράση έναντι του ιού της Ηπατίτιδας C”.

Συντονιστής: Καθ. Γ. Ζωίδης (Φαρμακευτικό Τμήμα Πανεπιστημίου Αθηνών)

Eπιστημονικός Υπεύθυνος υποέργου που αφορά στη βιολογική μελέτη των χηλικών παραγόντων έναντι του HCV: Δρ. Ν. Βασιλάκη

2013-2014       Πρόγραμμα Κοινωφελές Ίδρυμα Λάτσης 2013

Tίτλος: “Ανάπτυξη και αξιοποίηση ενός νέου in vitro συστήματος μόλυνσης με τον ιό της Ηπατίτιδας C (HCV), που προσομοιάζει την in vivo κατάσταση, για τον χαρακτηρισμό νέων αντι-HCV φαρμάκων”

Eπιστημονικός Υπεύθυνος: Δρ. Ν. Βασιλάκη

Έλληνες συνεργάτες: Καθ. Π. Μαυρομαρά (Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης, Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ), Καθ. Ι. Κοσκίνας (Β΄ Πανεπιστημιακή Παθολογική Κλινική Ιατρικής Σχολής Αθηνών – Γενικού Νοσοκομείου Αθηνών Ιπποκρατείου), Καθ. Γ. Ζωίδης, (Τμήμα Φαρμακευτικής Πανεπιστημίου Αθηνών, Τομέας Φαρμακευτικής Χημείας), Καθ. Α.-Λ. Σκαλτσούνης, Καθ. Ν. Αληγιάννης και Δρ. Α. Αργυροπούλου (Τμήμα Φαρμακευτικής Πανεπιστημίου Αθηνών, Τομέας Φαρμακογνωσίας και Χημείας Φυσικών Προϊόντων), Καθ. Μ. Χατζοπούλου-Κλαδαρά και Δρ. Ι. Βαλλιάνου (Τμήμα Βιολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, Τομέας Γενετικής, Ανάπτυξης και Μοριακής Βιολογίας)

Διεθνής συνεργασία: Prof. R. Bartenschlager (Πανεπιστήμιο Χαϊδελβέργης-Γερμανία, Tμήμα Μοριακής Ιολογίας)

2013-2015       Yποέργα της Δράσης Αναπτυξιακές Προτάσεις Ερευνητικών Φορέων – ΚΡΗΠΙΣ I  (Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, ΕΣΠΑ):

Τίτλος έργου: “Λοιμώδη και νευροεκφυλιστικά νοσήματα στον 21ο αιώνα: από τη μελέτη των βασικών μηχανισμών στην ανάπτυξη μεταφραστικής έρευνας και μεθοδολογιών αιχμής με στόχο τη διάγνωση, την πρόληψη και τη θεραπεία”.

Συντονιστής: Δρ. Ε. Καραγκούνη (Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ)

Yποέργο EE2.2: “Aνάπτυξη και αξιοποίηση ενός νέου in vitro συστήματος μόλυνσης με τον ιό HCV που προσομοιάζει την in vivo κατάσταση. Yποέργο EE2.4: “Ρόλος των micrornas ως πιθανών διαγνωστικών δεικτών για τον σχετιζόμενο με HCV ηπατοκυτταρικό καρκίνο”

Eπιστημονικός Υπεύθυνος υποέργων EE2.2 και EE2.4: Δρ Ν. Βασιλάκη

2013-2015       Yποέργo του προγράμματος Bionian Cluster (Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, ΕΣΠΑ) όπου το Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ συμμετείχε ως υπεργολάβος της εταιρίας Institute for Clinical Investigation

Τίτλος υποέργου: “Νέοι αναστολείς του πολλαπλασιασμού του HCV και βιοδείκτες που σχετίζονται με την ιική παθογένεια και την απόκριση σε θεραπευτικά μέσα”

Eπιστημονικός Υπεύθυνος υποέργου: Δρ Ν. Βασιλάκη

2013-2015       Yποέργo του προγράμματος ΑΡΙΣΤΕΙΑ Oncohepcvir (Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, ΕΣΠΑ)

Τίτλος έργου: “Ο ρόλος των ογκογόνων ιών στη παθογένεια του ηπατοκυτταρικού καρκίνου. Η βιολογική δράση των HCV core/core+1 πρωτεινών στην εξέλιξη του καρκίνου του ήπατος”

Επιστημονικός υπεύθυνος: Καθ. Π. Μαυρομαρά (Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ)

Τίτλος υποέργου: Διερεύνηση της συμβολής της HCV core+1/ARFP/F πρωτεΐνης στην ιική παθογένεια με ανάλυση του mRNA/miRNA προφίλ έκφρασης ηπατοκυττάρων που υποστηρίζουν την αντιγραφή φυσικού τύπου ή core+1 μεταλλαγμένων ιών (που φέρουν μη νοηματικές μεταλλάξεις που σταματούν τη μετάφραση του core+1 ανοικτού πλαισίου ανάγνωσης).

Yπεύθυνη υποέργου: Δρ Ν. Βασιλάκη

2013-2015       Συμμετοχή στο πρόγραμμα ΘΑΛΗΣ 2012-2015 (Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων, ΕΣΠΑ)

Τίτλος έργου: STAGECAR “Μηχανισμοί μεταγωγής σήματος και γονιδιακής έκφρασης στο ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα”

Συντονιστής: Γ. Mόσιαλος, Συνεργάτες: Καθ. Μ. Χατζοπούλου-Κλαδαρά και Δρ. I. Βαλλιάνου (Τμήμα Βιολογίας, Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Τομέας Γενετικής, Ανάπτυξης και Μοριακής Βιολογίας)

Τίτλος μελέτης: Καταστολή του σημαντικού για το λιπιδικό μεταβολισμό και ηπατοκυτταρικό καρκίνο μεταγραφικό παράγοντα HNF-4α από τον ιό HCV

2006-2007       Πρόγραμμα της Γερμανικής Υπηρεσίας Ακαδημαϊκών Ανταλλαγών DAAD για μεταδιδακτορική έρευνα

Tίτλος: “O ρόλος του core+1 ανοικτού πλαισίου ανάγνωσης και core cis-acting RNA στοιχείων του ιού της Ηπατίτιδας C στον ιικό κύκλο ζωής”

Η μεταδιδακτορική έρευνα της Δρ Ν. Βασιλάκη πραγματοποιήθηκε στο Department of Molecular Virology του Πανεπιστημίου Χαϊδελβέργης (Γερμανία), επικεφαλής του οποίου είναι ο Prof. Ralf Bartenschlager, σε συνεργασία με το Εργαστήριο Μοριακής Ιολογίας του Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ.

Πτυχιακές εργασίες

• “Χαρακτηρισμός της βιολογικής δράσης της core/core+1 πρωτεΐνης του ιού της Hπατίτιδας C”

Παναγιώτης Σακελλαρίου, Διπλωματική εργασία 2013, Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, Τομέας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας

• “Έλεγχος νέων αναστολέων του πολλαπλασιασμού του ιού της Ηπατίτιδας C”

Μάριος Δημητρίου, Διπλωματική εργασία 2015, Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, Τομέας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας

• “Μελέτη ενώσεων φυσικής ή ημισυνθετικής προέλευσης για την ανασταλτική τους δράση έναντι του πολλαπλασιασμού του ιού της ηπατίτιδας C (HCV) και άλλων Φλαβοϊών”

Κωνσταντίνος Κελεπούρας, Διπλωματική εργασία 2017, Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, Τομέας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας

• “Έλεγχος αναστολέων της αντιγραφής ιών της οικογένειας Flaviviridae και χαρακτηρισμός του μηχανισμού δράσης τους με μελέτη ανάπτυξης μεταλλαγών ανθεκτικότητας”

Γιώργος Νιώτης, Διπλωματική εργασία 2017 , Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, Τομέας Γενετικής και Βιοτεχνολογίας,

• “Έλεγχος ευρέως αποτελεσματικών αναστολέων ιικής αντιγραφής και χαρακτηρισμός του μηχανισμού δράσης τους σε γενετικό επίπεδο με μελέτη προσαρμοστικών μεταβολών στο ιικό γονιδίωμα και το κύτταρο-ξενιστή”

Χρήστος Καρακώστας, Διπλωματική εργασία 2017- , Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, Τομέας Γενετικής και Βιοτεχνολογίας

• “Μελέτη της αλληλεπίδρασης ιικής αντιγραφής και κυτταρικού μεταβολισμού σε συνθήκες ιστικής νορμοξίας (χαμηλού οξυγόνου) και σε σχέση με την Dopa αποκαρβοξυλάση “
• Νικόλαος Κολαΐτης, Διπλωματική εργασία 2017- , Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, Τομέας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας
• “Αλληλεπίδραση μεταξύ ηπατοτρόπων ιών και ιστικής νορμοξίας: μελέτη εμπλεκόμενων κυτταρικών παραγόντων, μεταξύ των οποίων η Dopa αποκαρβοξυλάση, και επίδραση στην απόδοση αντι-ιικών”

Μεταπτυχιακές εργασίες

• “Μελέτη του κυτταρικού ενεργειακού μεταβολισμού και της ιικής αντιγραφής σε καλλιεργούμενα κύτταρα μολυσμένα με ιούς της οικογένειας Flaviviridae υπό συνθήκες ηπατικής νορμοξίας και σε σχέση με την Dopa αποκαρβοξυλάση”

Παναγιώτα Κάιμου,  Διπλωματική εργασία 2016- , Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, Τομέας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας, Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Κλινική Βιοχημεία – Μοριακή Διαγνωστική (Μάθημα Μοριακή Βάση Ανθρώπινων Ασθενειών)

• “Μοριακοί μηχανισμοί που καθορίζουν τη σχέση ιικής μόλυνσης, ιστικής νορμοξίας και L-Dopa αποκαρβοξυλάσης για ηπατοτρόπους ιούς”

Μαρία Μωραΐτη,  Διπλωματική εργασία 2017- , Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, Τομέας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας, Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Κλινική Βιοχημεία – Μοριακή Διαγνωστική (Μάθημα Μοριακή Βάση Ανθρώπινων Ασθενειών)

• “Σημασία της L-Dopa αποκαρβοξυλάσης ως μεταβολικός παράγοντας καθοριστικός για την ιική αντιγραφή και παθογένεια”
  Άννα Χάλαρη, Διπλωματική εργασία 2018- , Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, Τομέας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας, Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Κλινική Βιοχημεία – Μοριακή Διαγνωστική (Μάθημα Μοριακή Βάση Ανθρώπινων Ασθενειών)

Διδακτορικές διατριβές

• “Αξιολόγηση νέων αναστολέων του ιού της Ηπατίτιδας C και βιοδεικτών απόκρισης σε θεραπευτικές προσεγγίσεις”

Ευσεβεία Φρακολάκη, διδακτορική διατριβή, Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ, Τομέας Γενετικής και Βιοτεχνολογίας, Τριμελής συμβουλευτική επιτροπή: Καθ. Α. Μ. Παππά, Δρ Ν. Βασιλάκη, Καθ. Π. Μαυρομαρά

Διδασκαλία σε Μεταπτυχιακά προγράμματα

• 2015-σήμερα: Διαλέξεις “Μοριακή βάση αντιμετώπισης ιογενών ασθενειών”, Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών ΚΛΙΝΙΚΗ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ – ΜΟΡΙΑΚΗ ΔΙΑΓΝΩΣΤΙΚΗ, στα πλαίσια του μαθήματος Μοριακή Βάση Ανθρώπινων Ασθενειών, Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ
• 2015-σήμερα: Διαλέξεις “Οι ιοί ως εργαλεία στην κατασκευή εμβολίων, τη διάγνωση και την ανακάλυψη φαρμάκων”, Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ, Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ

Διδασκαλία σε Εργαστηριακές ασκήσεις, Σεμινάρια

• 2001-2005: Συμμετοχή ως βοηθός σε προπτυχιακές εργαστηριακές ασκήσεις Βιοχημείας του Τομέα Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας του Τμήματος Βιολογίας ΕΚΠΑ
• 04/2005: Διδασκαλία σε πρακτικές ασκήσεις του σεμιναρίου Modern Methods of Light Microscopy (wide field & confocal) and Applications in Biomedical Research and Diagnosis, του Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ

ΕΠΙΣTΗΜΗ και ΚΟΙΝΩΝΙΑ

Εκπαίδευση μαθητών λυκείου στο Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ με ομιλίες και εργαστηριακές ασκήσεις πάνω σε τεχνικές Μοριακής Βιολογίας και Ιολογίας

Αξιολογητής στα διεθνή περιοδικά ‘Journal of General Virology’, ‘Virus Research’, ‘Biochimie’, ‘International Journal of Molecular Sciences’, ‘International Journal of Environmental Research and Public Health’, ‘IUBMB Life’.

2018            Συμμετοχή κατόπιν πρόσκλησης στο προεδρείο του 25th International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses (HCV2018, Dublin, Ireland). Session: Emerging and Related Viruses.

2018                Βραβείο καλύτερης Προφορικής παρουσίασης στο 4th Meeting of Postgraduate and Postdoctoral Researchers of Hellenic Pasteur Institute 2018 για την εργασία: “Interaction between tissue normoxia and Dengue Virus replication“, των Moraiti M., Frakolaki E., Kolaitis N., Kaimou P., Kalliampakou A., Karampetsou K., Dotsika E., Vassilacopoulou D., Mavromara P., Bartenschlager R. and Vassilaki N.

2016     Διακρίσεις για το άρθρο “Novel indole-flutimide heterocycles with activity against influenza PA endonuclease and hepatitis C virus”, Chem. Comm. 2016, Vol.7, No3, p.447-456, των Zoidis G., Giannakopoulou E., Stevaert A., Frakolaki E., Myrianthopoulos V., Fytas G., Mavromara P., Mikros E., Bartenschlager R., Vassilaki Ν., Naesens L.: α) New Talent Europe, β) 2016 MedChemComm Hot Article, γ) Εξώφυλλο στο περιοδικό

2016     Calmette & Yersin πρόγραμμα επιχορήγησης από το Διεθνές Δίκτυο Παστέρ για πρακτική άσκηση της διδακτορικής φοιτήτριας Ε. Φρακολάκη στο Institut Pasteur Paris (Unité des Hépacivirus et Immunité Innée) στο ερευνητικό θέμα “Evaluation of broadly active anti-virals for their activity against Hepatitis B Virus in a cell culture model adapted at liver normoxic conditions”.

2016     Δύο βραβεία καλύτερης επίδοσης στο σεμινάριο: Τεχνολογία αυτοματοποιημένης μικροσκοπίας για έλεγχο χημικών αναστολέων και για ανακάλυψη κυτταρικών στόχων με siRNA σε κυτταρικές δοκιμασίες μεγάλης κλίμακας (Ινστιτούτο Παστέρ Κορέας, 9-13 Mαΐου)

2012     Έπαινος παρουσίασης στο 63ο Πανελλήνιο Συνέδριο Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας & Μοριακής Βιολογίας (HSBMB) 2012 για την εργασία: “Low Oxygen Tension Enhances Hepatitis C Virus Replication”, των Vassilaki N., Kalliampakou K.I., Kotta-Loizou I., Befani C., Liakos P., Simos G., Mentis A.F., Kalliaropoulos A., Doumba P.P., Smirlis D., Bauhofer O., Poenisch M., Windisch M.P., Lee M.E., Koskinas J., Bartenschlager R. and Mavromara P.

2010      Βραβείο νέων επιστημόνων από την ένωση Federation of European Microbiological Societies (FEMS) για συμμετοχή στο συνέδριο 4th European Congress of Virology (Cernobbio, Italy, 7-11 Apr. 2010) με την προφορική παρουσίαση “Oxygen tension modulates hepatitis C virus proliferation”, των Vassilaki N., Kalliampakou K.I., Kotta-Loizou I., Smirlis D., Bartenschlager R. and Mavromara P.

2008    Βραβείο από την ένωση Federation of European Microbiological Societies (FEMS) για συμμετοχή στο συνέδριο 14th International Congress of Virology της International Union of Microbiological Societies (Istanbul, Turkey, 10-15 Aug. 2008) με την παρουσίαση “Exploring the importance of the hepatitis C virus core RNA secondary structure and core+1 reading frame expression for viral RNA translation and replication”, των Vassilaki N., Friebe P., Paranhos-Baccalà G., Mavromara P. and Bartenschlager R.”

ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ

Η τεχνολογία μικροσυστοιχιών ποσοτικής PCR πραγματικού χρόνου του εργαστηρίου Μοριακής Ιολογίας είναι διαθέσιμη για χρήση από επιστήμονες του ΕΙΠ και άλλων ερευνητικών ιδρυμάτων και πανεπιστημίων και παρέχει ανάλυση έκφρασης mRNA/miRNA, γονοτύπηση απλών νουκλεοτιδικών πολυμορφισμών (SNP) και ανάλυση καμπύλης τήξης υψηλής διακριτικότητας (HRM) καθώς και προσδιορισμό επιπέδων πρωτεϊνών με τεχνολογία proximity ligation (Taqman protein assays).

Υπεύθυνος επικοινωνίας: Ν. Βασιλάκη (@">@)

Mavromara P. and Vassilaki N. “Novel HCV core+1 protein, methods for diagnosis of HCV infections, prophylaxis and for screening of anti-HCV agents, nucleic acids and new polypeptides associated with and/or overlapping with HCV core gene products”

Δίπλωμα Ευρεσιτεχνίας από το γραφείο ευρεσιτεχνιών των ΗΠΑ, Patent No. US 7,838,002 B2, Application No. 11/322,374, Issue date 23/11/2010

 

Mavromara P. and Vassilaki N. “In vitro expression of the HCV ARFP/F/CORE+1 coding open reading frame”

U.S. Provisional Patent Application No. 60/614,610

2022

Dengue Virus Replication Is Associated with Catecholamine Biosynthesis and Metabolism in Hepatocytes. Mpekoulis G, Tsopela V, Chalari A, Kalliampakou KI, Panos G, Frakolaki E, Milona RS, Sideris DC, Vassilacopoulou D, Vassilaki N.* (2022) Viruses 9;14(3):564. doi: 10.3390/v14030564. * Corresponding author

Characterizing Kinetics and Avidity of SARS-CoV-2 Antibody Responses in COVID-19 Greek Patients. Labropoulou S.†, Vassilaki N.*†, Milona R.S., Terpos E., Politou M., Pappa V., Pagoni M., Grouzi E., Dimopoulos M.A., Mentis A., Emmanouil M. and Angelakis E. (2022) Viruses 14(4), 758; doi: 10.3390/v14040758. * Corresponding author, † Equal co-first authors

Redesigning of the cap conformation and symmetry of the diphenylethyne core to yield highly potent pan-genotypic NS5A inhibitors with high potency and high resistance barrier. Abdallah M, Hamed MM, Frakolaki E, Katsamakas S, Vassilaki N, Bartenschlager R, Zoidis G, Hirsch AKH, Abdel-Halim M, Abadi AH. (2022) Eur J Med Chem. 5;229:114034. doi: 10.1016/j.ejmech.2021.114034.

2021

Association of Hepatitis C Virus Replication with the Catecholamine Biosynthetic Pathway. Mpekoulis G, Tsopela V, Panos G, Siozos V, Kalliampakou K. I., Frakolaki E, Sideris C, D, Vassiliou A.G, Sideris D.C., Vassilacopoulou Dido and Vassilaki N*. Viruses 2021, 13(11), 2139; https://doi.org/10.3390/v13112139 * Corresponding author

Alteration of L-Dopa decarboxylase expression in SARS-CoV-2 infection and its association with the interferon-inducible ACE2 isoform. Mpekoulis G, Frakolaki E, Taka S, Ioannidis A, Vassiliou AG, Kalliampakou KI, Patas K, Karakasiliotis I, Aidinis V, Chatzipanagiotou S, Angelakis E, Vassilacopoulou D, Vassilaki N.* PLoS One. 2021, 29;16(6):e0253458. doi: 10.1371/journal.pone.0253458. * Corresponding author

Impact of Age and Sex on Antibody Response Following the Second Dose of COVID-19 BNT162b2 mRNA Vaccine in Greek Healthcare Workers. Vassilaki N, Gargalionis AN, Bletsa A, Papamichalopoulos N, Kontou E, Gkika M, Patas K, Theodoridis D, Manolis I, Ioannidis A, Milona RS, Tsirogianni A, Angelakis E, Chatzipanagiotou S. Microorganisms. 2021, 9(8):1725. doi: 10.3390/microorganisms9081725.

Increased Autotaxin Levels in Severe COVID-19, Correlating with IL-6 Levels, Endothelial Dysfunction Biomarkers, and Impaired Functions of Dendritic Cells. Nikitopoulou I, Fanidis D, Ntatsoulis K, Moulos P, Mpekoulis G, Evangelidou M, Vassiliou AG, Dimakopoulou V, Jahaj E, Tsipilis S, Orfanos SE, Dimopoulou I, Angelakis E, Akinosoglou K, Vassilaki N, Tzouvelekis A, Kotanidou A, Aidinis V. Int J Mol Sci. 2021, 22(18):10006. doi: 10.3390/ijms221810006.

Design and Synthesis of Novel Symmetric Fluorene-2,7-diamine Derivatives As Potent Hepatitis C Virus Inhibitors. Mousa M. H. A., Ahmed N. S., Schwedtmann K., Frakolaki E., Vassilaki N., Zoidis G., Weigand J. J., Abadi A. Pharmaceuticals, 2021, 14(4), 292; https:/doi.org/10.3390/ph14040292

2020

A Novel Cis-Acting RNA Structural Element Embedded in the Core Coding Region of the Hepatitis C Virus Genome Directs Internal Translation Initiation of the Overlapping Core+1 ORF. Vassilaki N.*, Frakolaki E., Kalliampakou K.I., Sakellariou P., Kotta-Loizou I., Bartenschlager R. and Mavromara P.* Int J Mol Sci. 2020, 21(18), 6974. doi: 10.3390/ijms21186974. * Corresponding authors

Design, synthesis and anti-HBV activity evaluation of new substituted imidazo[4,5-b]pyridines. Gerasi M.1, Frakolaki E.1, Papadakis G., Chalari A. Lougiakis N., Marakos, Pouli N.* and Vassilaki N.* Bioorg Chem. 2020, 103580. doi: 10.1016/j.bioorg.2020.103580. * Corresponding authors

Human L-Dopa decarboxylase interaction with Annexin V and expression during apoptosis. Chalatsa I., Arvanitis N., Arvanitis D., Tsakou A. C., Kalantzis E. D., Vassiliou A. G., Sideris D.C., Frakolaki E., Vassilaki N. and Vassilacopoulou D. Biochimie, 2020, 177, 78-86. doi: 10.1016/j.biochi.2020.08.010.

Symmetric benzidine derivatives as anti-HCV agents: insight into the nature, stereochemistry of the capping amino acid and the size of the terminal capping carbamates. Abdel Karim S. E., Youssef Y. H., Abdel-Halim M., Frakolaki E., Vassilaki N., Zoidis G., Ahmed N.S and Abadi A.H. Bioorg Chem. 2020, 102, 104089. doi: 10.1016/j.bioorg.2020.104089.

2019

Emerging role of L-Dopa decarboxylase in Flaviviridae virus infections. Frakolaki E., Kalliampakou K. I., Kaimou P., Moraiti M., Kolaitis N., Boleti H., Koskinas J., Vassilacopoulou D. and Vassilaki N.* Cells 2019, 8(8), pii: E837. doi: 10.3390/cells8080837. * Corresponding author

Scaffold Hybridization Strategy towards potent hydroxamate-based inhibitors of Flaviviridae viruses and Trypanosoma species. Giannakopoulou E., Pardali V., Frakolaki E., Siozos V., Myrianthopoulos V., Mikros E., Taylor M. C., Kelly J. M.*, Vassilaki N.* and Zoidis G.* MedChemComm 2019, 10(6):991-1006. doi: 10.1039/C9MD00200F. * Principal investigators

Symmetric Anti-HCV Agents: Synthesis, Antiviral Properties, and Conformational Aspects of Core Scaffolds. Leila A., Mousa M., Frakolaki E., Vassilaki N., Bartenschlager R., Zoidis G., Abdel-Halim M. and Abadi A.H. ACS Omega 2019, 4(7):11440-11454. doi: 10.1021/acsomega.9b01242.

L-Dopa decarboxylase interaction with the major signaling regulator ΡΙ3Κ in tissues and cells of neural and peripheral origin. Vassiliou A.G., Siaterli M.Z., Frakolaki E., Gkogkosi P., Paspaltsis I., Sklaviadis T., Vassilacopoulou D.* and Vassilaki N.* Biochimie. 2019, 160:76-87. doi: 10.1016/j.biochi.2019.02.009. * Corresponding authors

Comparison of DCs activation by virus-based vaccine delivery vectors emphasises the transcriptional downregulation of the oxidative phosphorylation pathway. Tsitoura E., Kazazi D., Oz-Arslan D., Sever E. A., Khalili S., Vassilaki N., Aslanoglou E., Dérian N, Six A., Sezerman O. U., Klatzmann D. and Mavromara P. Hum Gene Ther. 2019, 30(4):429-445. doi: 10.1089/hum.2018.161.

2018

The Role of Tissue Oxygen Tension in Dengue Virus Replication. Frakolaki E., Kaimou P., Moraiti M., Kalliampakou K. I., Karampetsou K., Dotsika E. Liakos P., Vassilacopoulou D., Mavromara P., Bartenschlager R. and Vassilaki N.* Cells. 2018, 7(12), pii: E241. Special Issue Gene Regulation by HIFs during Hypoxia. doi: 10.3390/cells7120241. * Corresponding author

Expanding the chemical space of anti-HCV NS5A inhibitors by stereochemical exchange and peptidomimetic approaches. Ramsis T.M., Abdel Karim S.E., Vassilaki N., Frakolaki E., Kamal A.A.M., Zoidis G., Ahmed N.S. and Abadi A.H. Arch Pharm (Weinheim). 2018, 351(7):e1800017. doi: 10.1002/ardp.201800017.

2017

Novel nucleoside analogues targeting HCV replication through an NS5A-dependent inhibition mechanism. Lougiakis N., Frakolaki E., Karmou P., Pouli N.*, Marakos P., Madan V., Bartenschlager R., Vassilaki N.* Chem Biol Drug Des. 2017, doi: 10.1111/cbdd.12966 * Corresponding authors

Virus-host interactions under hypoxia. Special issue: Effects of hypoxia on infection and host immune control. Vassilaki N.* and Frakolaki E. Microbes Infect. 2017, 19, 193-203. doi: 10.1016/j.micinf.2016.10.004. * Corresponding author

2016

# Novel indole-flutimide heterocycles with activity against influenza PA endonuclease and hepatitis C virus. Zoidis G., Giannakopoulou E., Stevaert A., Frakolaki E., Myrianthopoulos V., Fytas G., Mavromara P., Mikros E., Bartenschlager R., Vassilaki Ν.* and Naesens L.* Med. Chem. Comm. 2016, 7, 447-456. doi: 10.1039/C5MD00439J. * Principal investigators

# Featured as: New Talent Europe (top research from emerging investigators from Europe), 2016 MedChemComm Hot Article (particularly interesting or significant research), Front cover in MedChemComm

Hepatitis C virus suppresses Hepatocyte Nuclear Factor 4 alpha, a key regulator of hepatocellular carcinoma. Vallianou I., Dafou D., Vassilaki N., Mavromara P. and Hadzopoulou-Cladaras M. Int J Biochem Cell Biol. 2016, 78, 315-26. doi: 10.1016/j.biocel.2016.07.027.

2015

Expression of the novel HCV core+1/ARF protein in the context of JFH1-based replicons. Kotta-Loizou I., Karakasiliotis I., Vassilaki N., Sakellariou P., Bartenschlager R. and Mavromara P. J Virol. 2015, 89:5164-70. doi: 10.1128/JVI.02351-14.

2014

Viral Hepatitis. Robotis J.F.* and Vassilaki N.* In Reference Module in Biomedical Sciences, 2014, edited by M. Caplan, Elsevier. doi: 10.1016/B978-0-12-801238-3.05401-5. * Corresponding authors

2013

Low oxygen tension enhances hepatitis C virus replication. Vassilaki N.*, Kalliampakou K.I., Kotta-Loizou I., Befani C., Liakos P., Simos G., Mentis A.F., Kalliaropoulos A., Doumba P.P., Smirlis D., Foka P., Bauhofer O., Poenisch M., Windisch M.P., Lee M.E., Koskinas J., Bartenschlager R. and Mavromara P.* J Virol. 2013, 87, 2935-48. doi: 10.1128/JVI.02534-12. * Corresponding authors

Hepatitis C virus core+1/ARF protein decreases hepcidin transcription through an AP1 binding site. Kotta-Loizou I., Vassilaki N.*, Pissas G., Kakkanas A., Bakiri L., Bartenschlager R. and Mavromara P.* J Gen Virol. 2013, 94, 1528-34. doi: 10.1099/vir.0.050328-0 * Corresponding authors

High Levels of HCV core+1 Antibodies in HCV Patients with Hepatocellular Carcinoma. Dalagiorgou G., Vassilaki N., Foka P., Boumlic A., Kakkanas A., Kochlios E., Khalili S., Aslanoglou E., Veletza S., Orfanoudakis G., Vassilopoulos D., Hadziyannis S., Koskinas J., Mavromara P. J Gen Virol. 2011, 92: 1343-51. doi: 10.1099/vir.0.023010-0.

Synonymous mutations in the core gene are linked to unusual serological profile in hepatitis C virus infection. Budkowska A., Kakkanas A., Nerrienet E., Kalinina O., Maillard P., Horm S.V., Dalagiorgou G., Vassilaki N., Georgopoulou U., Martinot M., Sall A.Α., and Mavromara P. PLoS One. 2011, 6:e15871. doi: 10.1371/journal.pone.0015871.

Internal translation initiation stimulates expression of the ARF/core+1 open reading frame of HCV genotype 1b. Boumlic A., Vassilaki N., Dalagiorgou G., Kochlios E., Kakkanas A., Georgopoulou U., Markoulatos P., Orfanoudakis G., Mavromara P. Virus Res 2011, 155, 213-20. doi: 10.1016/j.virusres.2010.10.007.

Prevalence of intrinsic disorder in the hepatitis C virus ARFP/Core+1/S protein. Boumlic A., Nominé Y., Charbonnier S., Dalagiorgou G., Vassilaki N., Kieffer B., Travé G., Mavromara P., Orfanoudakis G. FEBS J 2010, 277, 774-89. doi: 10.1111/j.1742-4658.2009.07527.x

The HCV ARFP/F/core+1 protein: production and functional analysis of an unconventional viral product. Vassilaki N.* and Mavromara P.* IUBMB Life 2009, 61, 739-52. doi: 10.1002/iub.201 * Corresponding authors

Role of hepatitis C virus core+1 open reading frame and core cis-acting RNA elements in viral RNA translation and replication. Vassilaki N., Friebe P., Meuleman P., Kallis S., Kaul A., Paranhos-Baccalà G., Leroux-Roels G., Mavromara P. and Bartenschlager R. J Virol 2008, 82, 11503-15. doi: 10.1128/JVI.01640-08.

Expression studies of the HCV-1a core+1 open reading frame in mammalian cells. Vassilaki N., Boleti H. and Mavromara P. Virus Res 2008, 133, 123-135. doi: 10.1016/j.virusres.2007.10.019.

Differences in the expression of the hepatitis C virus core+1 open reading frame between a nuclear and a cytoplasmic expression system. Vassilaki N., Kalliampakou K.I. and Mavromara P. J Gen Virol 2008, 89, 222-231. doi: 10.1099/vir.0.83260-0

Expression studies of the core+1 protein of the hepatitis C virus 1a in mammalian cells. The influence of the core protein and proteasomes on the intracellular levels of core+1. Vassilaki N., Boleti H., Mavromara P. FEBS J. 2007, 274, 4057-4074. doi: 10.1111/j.1742-4658.2007.05929.x

HCV-associated hepatocellular carcinoma. Vassilaki N., Khalili S. and Mavromara P. In Viral Oncogenesis 2006 (Tognon M, eds), pp 145-181. Research Signpost Press, Kerala, India.

Two alternative mechanisms are responsible for the synthesis of HCV ARFP/F/core+1. Vassilaki N. and Mavromara P. J Biol Chem 2003, 278, 40503−40513. doi: 10.1074/jbc.M305504200

Alternate translation occurs within the core-coding region of the hepatitis C viral genome. Varaklioti A., Vassilaki N., Georgopoulou U., and Mavromara P. J Biol Chem 2002, 277, 17713-17721. doi: 10.1074/jbc.M201722200

2011

High Levels of HCV core+1 Antibodies in HCV Patients with Hepatocellular Carcinoma. Dalagiorgou G., Vassilaki N., Foka P., Boumlic A., Kakkanas A., Kochlios E., Khalili S., Aslanoglou E., Veletza S., Orfanoudakis G., Vassilopoulos D., Hadziyannis S., Koskinas J., Mavromara P. J Gen Virol. 2011, 92: 1343-51. doi: 10.1099/vir.0.023010-0.

Synonymous mutations in the core gene are linked to unusual serological profile in hepatitis C virus infection. Budkowska A., Kakkanas A., Nerrienet E., Kalinina O., Maillard P., Horm S.V., Dalagiorgou G., Vassilaki N., Georgopoulou U., Martinot M., Sall A.Α., and Mavromara P. PLoS One. 2011, 6:e15871. doi: 10.1371/journal.pone.0015871.

Internal translation initiation stimulates expression of the ARF/core+1 open reading frame of HCV genotype 1b. Boumlic A., Vassilaki N., Dalagiorgou G., Kochlios E., Kakkanas A., Georgopoulou U., Markoulatos P., Orfanoudakis G., Mavromara P. Virus Res 2011, 155, 213-20. doi: 10.1016/j.virusres.2010.10.007.

2010

Prevalence of intrinsic disorder in the hepatitis C virus ARFP/Core+1/S protein. Boumlic A., Nominé Y., Charbonnier S., Dalagiorgou G., Vassilaki N., Kieffer B., Travé G., Mavromara P., Orfanoudakis G. FEBS J 2010, 277, 774-89. doi: 10.1111/j.1742-4658.2009.07527.x

2009

The HCV ARFP/F/core+1 protein: production and functional analysis of an unconventional viral product. Vassilaki N.* and Mavromara P.* IUBMB Life 2009, 61, 739-52. doi: 10.1002/iub.201 * Corresponding authors

2008

Role of hepatitis C virus core+1 open reading frame and core cis-acting RNA elements in viral RNA translation and replication. Vassilaki N., Friebe P., Meuleman P., Kallis S., Kaul A., Paranhos-Baccalà G., Leroux-Roels G., Mavromara P. and Bartenschlager R. J Virol 2008, 82, 11503-15. doi: 10.1128/JVI.01640-08.

Expression studies of the HCV-1a core+1 open reading frame in mammalian cells. Vassilaki N., Boleti H. and Mavromara P. Virus Res 2008, 133, 123-135. doi: 10.1016/j.virusres.2007.10.019.

Differences in the expression of the hepatitis C virus core+1 open reading frame between a nuclear and a cytoplasmic expression system. Vassilaki N., Kalliampakou K.I. and Mavromara P. J Gen Virol 2008, 89, 222-231. doi: 10.1099/vir.0.83260-0

2007

Expression studies of the core+1 protein of the hepatitis C virus 1a in mammalian cells. The influence of the core protein and proteasomes on the intracellular levels of core+1. Vassilaki N., Boleti H., Mavromara P. FEBS J. 2007, 274, 4057-4074. doi: 10.1111/j.1742-4658.2007.05929.x

2006

HCV-associated hepatocellular carcinoma. Vassilaki N., Khalili S. and Mavromara P. In Viral Oncogenesis 2006 (Tognon M, eds), pp 145-181. Research Signpost Press, Kerala, India.

2003

Two alternative mechanisms are responsible for the synthesis of HCV ARFP/F/core+1. Vassilaki N. and Mavromara P. J Biol Chem 2003, 278, 40503−40513. doi: 10.1074/jbc.M305504200

2002

Alternate translation occurs within the core-coding region of the hepatitis C viral genome. Varaklioti A., Vassilaki N., Georgopoulou U., and Mavromara P. J Biol Chem 2002, 277, 17713-17721. doi: 10.1074/jbc.M201722200