Το Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ, ιδρύθηκε με το Βασιλικόν Διάταγμα της 26ης Απριλίου 1919 «Περί εγκρίσεως καταστατικού του εν Αθήναις συνιστωμένου Ιδρύματος υπό την επωνυμίαν «Ελληνικόν Ινστιτούτον Pasteur ιδρυθέν υπό Β. Ζαχάρωφ», ΦΕΚ 95, τ. Α΄, 3 Μαϊου 1919, το οποίον τροποποιήθη και συμπληρώθη με τo Βασιλικό Διάταγμα «Περί τροποποιήσεως του από 26 Απριλίου 1919 Διατάγματος Περί εγκρίσεως καταστατικού του εν Αθήναις συνιστωμένου Ιδρύματος υπό την επωνυμίαν «Ελληνικόν Ινστιτούτον Pasteur ιδρυθέν υπό Β. Ζαχάρωφ» ΦΕΚ 353 τ. Α’– 18.08.1936
Από την ίδρυσή του (1919) μέχρι σήμερα, το Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ ( ΕΙΠ ) παραμένει πιστό στην αποστολή του που είναι η πρόληψη και η θεραπεία των Μολυσματικών νοσημάτων μέσω της Βασικής Έρευνας, της Εκπαίδευσης και της προσφοράς Υπηρεσιών στη Δημόσια Υγεία.
Πέρα από την εστίαση στην καταπολέμηση των μολυσματικών νοσημάτων, στόχο της Έρευνας στο ΕΙΠ σήμερα αποτελεί και η καταπολέμηση άλλων νοσημάτων όπως τα αυτοάνοσα, τα νευροεκφυλιστικά, τα νευρομυικά και διάφορες μορφές καρκίνου.
Το ΕΙΠ είναι Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου (Ν.Π.Ι.Δ.) μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα, εποπτεύεται από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας του Υπουργείου Ανάπτυξης και Επενδύσεων, καθώς και από το Υπουργείο Υγείας. Έχει έδρα την Αθήνα και διαθέτει διοικητική και οικονομική αυτοτέλεια. Υπηρεσίες και γραφεία του ΕΙΠ μπορεί να λειτουργήσουν και σε άλλες πόλεις της ημεδαπής. Διέπεται από το ν. 4310/2014 (ΦΕΚ Α’ 258) και τον ν. 4528/2018 (ΦΕΚ Α’ 50), όπως εκάστοτε ισχύουν από τον Οργανισμό και τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας του.
• Λειτουργεί στο πλαίσιο της Ελληνικής Νομοθεσίας που αφορά τα Ερευνητικά κέντρα (Ν. 4386/2016) και το Ν. (3733/28-1-2009), στον οποίο κυρώνεται η σύμβαση ανάμεσα στο Ελληνικό κράτος, το ΕΙΠ και το Ινστιτούτο Παστέρ στο Παρίσι.
• Είναι μέλος του Διεθνούς Δικτύου Ινστιτούτων Παστέρ (ΔΔΙΠ/IPIN), και διατηρεί ισχυρούς δεσμούς συνεργασίας με το Ινστιτούτο Παστέρ στο Παρίσι και άλλα Ινστιτούτα του ΔΔΙΠ στη Βόρεια και Κεντρική Αφρική, στην ΝΑ Ασία, την Ευρώπη και τον Καναδά.