Το ερευνητικό έργο αποσκοπεί στην ανάπτυξη μιας συνδυαστικής διαγνωστικής μεθόδου, με βάση τον αναλυτή 3ης γενεάς, MinION (Oxford Nanopores Technologies). Η μέθοδος θα βασίζεται στον εμπλουτισμό στόχου για τα βακτηριακά γονίδια 16S, καθώς και στην ενίσχυση στόχου για όλους τους πιθανούς ιούς. Ο βιοπληροφορικός αλγόριθμος που θα αναπτυχθεί θα συνυπολογίζει τα ποιοτικά και ποσοτικά δεδομένα των επιμέρους αναλύσεων και θα προσδιορίζει την πιθανότητα λοίμωξης από ιό ή βακτήριο, ενώ θα είναι διαθέσιμος για άμεση χρήση είτε μέσω διαδικτύου είτε μέσω τοπικής εγκατάστασης σε υπολογιστή. Ο συνδυασμός αυτών των προσεγγίσεων θα δημιουργήσει ένα γρήγορο, ενοποιημένο εργαλείο για την PoC ανάλυση των ARIs.
Στόχοι:
Καθ’ όλη την διάρκεια υλοποίησης του ερευνητικού έργου θα εφαρμόσουμε εργαστηριακές και βιοπληροφορικές τεχνολογίες αιχμής με στόχο:
- Να αναπτύξουμε μία νέα μέθοδο εμπλουτισμού στόχου για την ανίχνευση όλων των παθογόνων του αναπνευστικού
- Να αναπτύξουμε μία βιοπληροφορική αναλυτική ροή (pipeline) για τον ακριβή χαρακτηρισμό του τύπου της λοίμωξης
- Να βελτιστοποιήσουμε τους αναλυτικούς χρόνους και να αυτοματοποιήσουμε τις εργαστηριακές και βιοπληροφορικές διαδικασίες με σκοπό την PoC εφαρμογή τους
