NSPIRED: The National Research Infrastructure on Integrated Structural Biology, Drug Screening Efforts and Drug target functional characterization
Το INSPIRED λειτουργεί ως Εθνική Ερευνητική Υποδομή. Συγκροτείται από 14 ομάδες ακαδημαϊκών και ερευνητικών ιδρυμάτων σε ολόκληρη τη χώρα και κάθε μέλος αντιμετωπίζει διαφορετικές πτυχές δομικής βιολογίας (https://www.inspired–ris.gr).
Το INSPIRED, προσφέρει ένα πλήρες σύνολο τεχνικών για ολοκληρωμένη έρευνα στη Δομική Βιολογία, που περιλαμβάνει την προετοιμασία δείγματος, το βιοφυσικό χαρακτηρισμό, τη δομική ανάλυση, καθώς και λειτουργική ανάλυση και φαρμακογονιδιωματική, με στόχο την παροχή λύσεων σε ακαδημαϊκούς και βιομηχανικούς χρήστες, με γνώμονα τις εθνικές / περιφερειακές ανάγκες για καινοτόμες υπηρεσίες και προϊόντα (https://inspired–ris.catalogue.athenarc.gr).
Το INSPIRED αποτελεί μια δυναμική υποδομή συμπληρωματικών κέντρων αριστείας.
INSPIRED-Κόμβος Ε.Ι.Π.
Το Ε.Ι.Π. είναι αφιερωμένο στην έρευνα των Λοιμωδών Νοσημάτων, της Ανοσολογίας και της Νευροβιολογίας. Επίσης, συμμετέχει ενεργά σε Υπηρεσίες Δημόσιας Υγείας όπου οι ερευνητικές προσπάθειες επικεντρώνονται κυρίως στην ανάπτυξη νέων διαγνωστικών και θεραπευτικών στρατηγικών για ανθρώπινες εφαρμογές. Συγκεκριμένα, το Ε.Ι.Π. συμμετέχει στο INSPIRED με την ακόλουθη υποδομή:
- Προετοιμασία δείγματος πρωτεΐνης (Έκφραση πρωτεϊνών και καθαρισμός)
- Βιοφυσικός χαρακτηρισμός
- Δομική ανάλυση
- Ανάλυση in silico και σχεδιασμός φαρμάκων
Η υποδομή INSPIRED-KOMBOΣ Ε.Ι.Π. παρουσιάζεται στον παρακάτω σύνδεσμο:
Πιο συγκεκριμένα, η υπάρχουσα υποδομή περιλαμβάνει μηχανήματα και τεχνογνωσία:
Για την προετοιμασία του δείγματος πρωτεϊνών
- Ετερόλογη έκφραση διαλυτών / μεμβρανικών πρωτεϊνών σε βακτήρια, ζύμη Pichia pastoris, πρωτόζωα Leishmania tarentolae, κυτταρικά συστήματα εντόμων και θηλαστικών. Το σύστημα έκφρασης μας στα θηλαστικά έχει αναβαθμιστεί για τα κύτταρα Expi293F, το οποίο εξασφαλίζει ταχεία και υψηλής απόδοσης παραγωγή πρωτεΐνης από καλλιέργεια εναιωρήματος υψηλής πυκνότητας.
- Τεχνολογίες Phage display και υβριδωμάτων για την ανάπτυξη ειδικών μονοκλωνικών αντισωμάτων ή πεπτιδίων για την έρευνα, τη διαγνωστική και θεραπευτική χρήση.
- Ανασυνδυασμένοι ιοί
- Παραγωγή ευρείας κλίμακας διαλυτών και μεμβρανικών πρωτεϊνών που εκφράζονται σε κύτταρα ζυμομυκήτων και βακτηρίων στη μονάδα του Ε.Ι.Π. σε ειδικούς επωαστήες ή σε ζυμωτήρα 20L.
- Καθαρισμός ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών σε FPLC χρωματογραφία (συγγένειας, αποκλεισμός μεγέθους ή ανταλλαγής ιόντων).
Για τον χαρακτηρισμό των πρωτεϊνών
- Μέγεθος, μάζα, πολυδιασπορά καθαρισμένων πρωτεϊνών (αξιολογείται με Dynamic Light Scattering) πριν από δοκιμές κρυστάλλωσης
- Λειτουργικός χαρακτηρισμός
Για δομική ανάλυση
- Κρυστάλλωση πρωτεϊνών (ρομπότ κρυστάλλωσης) και προσδιορισμός δομής 3D
- Μοντελοποίηση και προσομοίωση βιολογικών μακρομορίων.
